Rautenberg wurde am 1.3.1791 in Moorfleet geboren. Sein Geburts- und Elternhaus befand sich Sandwisch 21. Dorthin zog sein Vater auf der Suche nach einer gesicherten Bleibe und der Möglichkeit, das erlernte Handwerk auszuüben und Geld zu verdienen. Rautenbergs Vater Christian Friedrich war gelernter Bäckermeister. Er übernahm eine Bäckerei und nahm die Witwe des verstorbenen Vorgängers zur Frau. Als diese verstarb, heiratete er die erheblich jüngere Gesche Heitmann aus Curslack. 

Johann Wilhelm ist das 11. - das jüngste - Kind. 1807 starb der Vater. Johann Wilhelm war 16 Jahre alt. Er nahm verschiedene Stellungen in Privatschulen und Haushalten an. Sein sehnlichster Wunsch war es, Pastor zu werden. 1811-13 besuchte er das Johanneum, wo er in Person des Direktors - Johann Gottfried Gurlitt - einen Förderer fand, der ihn auch finanziell unterstützte. Auf der Flucht vor den französischen Besatzungstruppen kam er in das von den Schweden besetzte Kiel. Dort studierte er ca.2 1/2 Jahre Theologie. Dieses Studium setzte er für ein Jahr in Berlin fort und machte das Amtsexamen 1817 in Hamburg. 

Zwischenzeitlich wurde die Bäckerei durch seinen Bruder 1814 an den Moorfleeter Deich 97 verlegt. Dort befand sich dann später die Bäckerei Bahlmann. 1820 erhielt Rautenberg die Pfarrstelle an der Dreieinigkeitskirche in der Hamburger Vorstadt St.Georg. Von seinen theologischen Lehrern wurde er maßgeblich geprägt. Er selbst sagte, er sei durch August Tweesten in Kiel zu Glauben gekommen. Friedrich Schleiermacher und August Neander in Berlin haben diese zum Glauben erweckte Richtung verstärkt. 

1822 kaufte ein Bruder Rautenbergs das Haus Sandwisch 25. Als Pastor in St.Georg lernte Rautenberg die Not der armen Menschen durch viele Hausbesuche kennen. Besonders die Situation der Kinder war schwer. Sie wuchsen ohne Schulbildung auf, da sie durch Arbeit zum Familienunterhalt beitragen mussten. Aufgrund dieser Erfahrungen gründete Rautenberg zusammen mit Johann Gerhard Oncken am 9.1.1825 eine Sonntagsschule. Oncken hatte das Vorbild der Sonntagsschule aus England mitgebracht. Nun konnten die beiden 60 Kinder unterrichten und so Analphabetismus bekämpfen und den Armenkindern eine christliche Erziehung ermöglichen. 1832 wurde Johann Hinrich Wichern als Ersatz für Oncken als Oberlehrer eingestellt. 

45 Jahre lang wirkte Rautenberg so in St.Georg. Zusammen mit seiner Frau, Johanna Elisabeth Duncker, hatte er 6 Kinder. Er starb an seinem 74. Geburtstag, am 1.3.1865, und wurde in St.Georg begraben. In diesem Jahr begehen wir den 230. Geburtstag Rautenbergs!